澳門作爲亞洲乃至世界旅游休閑中心，也是世界人口密度最高的地區之一，其城市污染控制和環境保護一直是政府和公衆十分關注的問題，也是澳門學術界永久性研究課題，同時也吸引了北京、廣州及珠三角其它地區的衆多專家學者在相關領域開展了廣泛的合作研究。有鑒于此，澳門環境研究院（MERI）于2015年9月正式掛牌成立，成爲澳門科技大學屬下的又一個重點科研機構。
研究院努力立足澳門，面向粵港澳大灣區，全面開展學術研究，尤其注重與澳門及周邊地區和國際知名學術機構的交流與合作，進一步系統研究澳門及粵港澳大灣區環境和發展中的新課題，開拓新領域，著力打造優秀研究人才培養基地，努力構建一個特色鮮明的研究平臺，力爭産出更具創新性和影響力的成果，引領澳門環境領域發展的新方向。研究範圍包括但不限于：
- 機動車污染排放及風險評估；
- 城市空氣質量模型及預測；
- 澳門水域環境保護及風險分析；
- 城市固體廢物循環和管理；
- 城市節能減排及新能源推廣；
- 環境污染與人體健康系統分析；
- 生命周期評價理論和方法應用；
- 環境遙感和城市地理資訊系統應用；
- 城市可持續發展理論和指標體系；
- 粵港澳環境質量基準及風險評估；
- 污染土壤治理修復理論和技術。
研究院聚集了本領域著名的專家和學者，未來將繼續吸引高水準的國內外科研人才，幷與中國內地的著名大學和研究機構具有良好的合作關係。
研究所除繼續開展和積極拓展學術研究之外，還面向本澳、港臺、內地及國際招生，開辦“環境科學與管理碩士學位課程”。同時，研究院也正在準備申報博士學位課程。